داستان فیلم "خانه ای با ساعتی درون دیوارهایش" درباره‌ی پسر 10 ساله‌ی تازه یتیم شده‌ای به نام لوئیس برناولت است که برای ادامه‌ی زندگی، به عمارت عمویش، جاناتان برناولت می‌رود. لوئیس پس از مدت کوتاهی درمی‌یابد که عموی وی به همراه یکی از همسایه‌ها به نام فلورنس زیمرمان، دو جادوگر هستند که در تلاشند تا پیش از نابودی دنیا، ساعتی را که در داخل یکی از دیوارهای عمارت جاسازی شده پیدا کنند. این ساعت متعلق به زن و شوهری به نام‌های سلنا و آیزاک بود که پیش از جاناتان در این عمارت زندگی می‌کردند و تمام عمرشان را صرف استفاده از جادوی سیاه و برنامه‌ریزی برای به نابودی کشاندن دنیا کرده بودند. سلنا مدت کوتاهی پیش از مرگش ساعتی را داخل یکی از دیوارهای خانه پنهان کرد و تا زمانی که این ساعت از کار نیفتد، جادوی این زن و شوهر ادامه می‌یابد. از طرفی در شب هالووین، لوئیس به همراه یکی از دوستانش به قبرستان می‌رود و روح سلنا را دوباره آزاد می‌کند و بدین ترتیب، کارهای شیطانی وی نیز دوباره آغاز می‌شود.